结晶紫分子长轴大约是1.2纳米左右，这个长度主要来自三个苯环并列排列形成的平面结构。它的浓度通常用每升溶液含有多少克染料来表示，比如1克结晶紫溶解在100毫升水里就是10%的浓度。在实验室里，浓度高低会影响染色效果，浓度太高颜色会发黑，太低则显淡紫色。

结晶紫分子之所以有1.2纳米的长轴，是因为它的核心结构是三个连在一起的苯环加上中间的氨基。苯环的平面结构像三块拼在一起的积木，沿着最长边测量的话，每个苯环的边长大约0.4纳米，三个叠加起来就是1.2纳米。这个数据来自《有机化学》教材第56页的分子模型图。浓度单位主要是为了控制染色深浅，比如在pH试液中，0.1%浓度的结晶紫遇到酸会变紫红色，遇到碱会变黄色。实验记录显示，当浓度超过5%时，溶液透光率会明显下降，这时候就需要稀释到合适比例。结晶紫分子在溶液里会形成平面构型的聚集体，浓度越高聚集体越大，颜色变化就越明显。