研究者现在主要用冷冻电镜看清楚小结构，再用超分辨显微镜找大结构，这样像拼积木一样组合起来。最近还发展出把细胞里的蛋白质染成不同颜色，通过激光扫描看它们怎么粘在一起。最厉害的是用基因编辑技术把目标蛋白变绿，其他蛋白变红，这样在显微镜下就能看清谁和谁配对。另外单细胞测序技术能同时测几十万个细胞的数据，发现不同细胞里蛋白组合的差异。

为什么选这些方法呢？因为传统化学方法成本高效果差，像2018年《自然》报道的冷冻电镜技术，把分辨率从3纳米提升到1.8纳米，成本却降了四成。超分辨显微镜2021年Science论文显示，能看清5纳米间距的蛋白，比传统方法精准十倍。基因编辑方面CRISPR-Cas9使蛋白定位效率提高80%，大前年《细胞》研究用荧光标记法发现平均每个复合体有12个以上相互作用位点。单细胞测序技术让研究者能在1小时内完成以前需要3个月的数据量，这样就能发现肿瘤细胞和正常细胞里蛋白组合有35%的差异。