荧光染料的激发波长和发射波长就像手电筒的开关和光束方向。激发波长是染料吸收特定波长的光变成激发态，而发射波长是染料从激发态回到基态时释放的光。Cy5.5这种染料最常吸收640-680nm的光，然后会发出670-690nm的红色光。比如用红色激光笔照射它，就能看到它发出更亮的橙红色光。

为什么Cy5.5的发射波长是670-690nm呢？首先看它的化学结构，苯环和吲哚基团组合会让它吸收绿光后，电子跃迁到高能级。当电子回到低能级时，会释放出比激发光长波长的红光。根据《荧光探针应用手册》数据，Cy5.5在最大吸收波长664nm处，发射峰值在675nm左右，且发射光谱在670-690nm范围内最明显。比如用荧光显微镜观察细胞时，激发光用640nm的激光，就能同时看到染料吸收和发射的光谱差异。实验证明，当激发波长超过680nm时，发射波长会向短波方向偏移约5nm，这是因为染料分子在强光下容易发生光漂白现象。