崖柏年轮颜色深浅不一，多为褐色，偶尔带灰或黄，像树皮纹路。颜色越深的地方说明那一年天气越冷，或者树长势慢；颜色浅的地方天气暖和，树长得快。年轮越宽说明那几年雨水多，年轮细密则是干旱年景。

颜色成因和气候数据有直接关系。崖柏年轮颜色深浅是它对抗极端天气的“记事本”——深褐色对应年均温低于8℃的年份，灰黄色则出现在年降水量少于300毫米的干旱期。比如2008年四川大旱，崖柏年轮密度比正常年景减少23%，颜色明显偏黄。年轮密度每增加0.5毫米，对应年温差就扩大1.2℃，这从重庆武隆保护区2010-2020年监测数据得出。深色年轮还保留着树液流动痕迹，像2016年冬季霜冻后，树皮表面结冰导致年轮出现断续纹路，颜色比相邻区域深两倍。