玛瑙内部有裂纹是因为形成时受压力或温度变化影响，导致矿物结构断裂。这种裂纹常见于地质运动频繁的地区，比如四川、新疆等地，大约有60%的玛瑙会带有裂纹。裂纹形状可能像树枝、网状或平行线，颜色深浅和矿物颗粒大小有关。

因为石英岩在形成过程中，温度和压力变化大所以容易裂开。比如地壳运动时断层挤压，或者岩浆冷却过快，都会让内部结构不均匀。实验室数据显示，石英岩莫氏硬度7级，但内部孔隙和杂质多，抗压强度比表面低30%左右。比如四川凉山玛瑙带，因板块碰撞导致年温差超20℃，裂纹概率达65%。矿物成分差异也会起作用，当二氧化硅含量低于90%时，结晶不完整更容易开裂。所以裂纹位置多在矿物层交界处，比如玛瑙与玉髓的接触带。