珍珠颜色深是因为贝类分泌的珍珠质层越厚颜色越深，不同颜色来自不同元素混入。比如白珠是碳酸钙，粉珠含氧化铁，黑珠有铁锰元素。

珍珠颜色成因跟贝类分泌的珍珠质有关，珍珠质层每增加1毫米颜色就变深一层。南洋珠平均5毫米，颜色就比Akoya珠（3毫米）深；黑珍珠含铁0.4%-1.2%、锰0.1%-0.3%，铁多就显黑色。珍珠质层越厚混入的元素越多，比如南洋珠表层含铜0.01%-0.03%，就显金色。珍珠层厚度和元素比例决定颜色，厚层珠颜色稳定，薄层珠容易变色。比如Akoya珠层3毫米，颜色浅但均匀；大溪地珠层4毫米，含铜量高所以显蓝绿色。珍珠颜色深浅和元素混入量成正比，但超过一定厚度颜色会饱和，比如南洋珠超过6毫米就不再变深，反而更透亮。