辣根酶专门分解辣根素变成辣根过氧化物，这样就能激活底物显色反应。当二抗（二抗就是连接抗体的第二抗体）遇到辣根过氧化物时，会立刻让底物（比如TMB）变成蓝色，颜色深浅跟二抗浓度成正比。所以用辣根酶就能检测出二抗有没有存在，而且显色反应快、颜色明显。

因为辣根酶和辣根素是专一性结合的，就像钥匙和锁一样，所以分解效率特别高。实验数据显示，辣根酶在pH5-6的条件下活性最强，这时候分解辣根素的速度能达到每分钟0.8-1.2微摩尔。而显色反应时间控制在3-5分钟内完成，比普通方法快一半。比如用辣根酶处理二抗-辣根素复合物后，显色波长450nm处的吸光度比没处理的样本高3倍以上。这是因为辣根过氧化物浓度足够激活底物，而二抗浓度每增加10μg/mL，吸光度就上升0.15个单位。所以用辣根酶做检测，既灵敏又稳定，适合批量测试。不过要注意温度不能超过40℃，否则酶会失活。显色后的蓝色能持续2小时不褪色，这样读数时间很充裕。