蓝珀颜色发黄或变成褐色，主要是因为里面的有机质被氧化了，加上有些矿物质慢慢沉积在表面。时间越久，颜色就越深，就像苹果放久了会变黄一样。蓝珀刚形成的时候是透明的，但因为含有大量有机物，随着时间推移，这些有机物慢慢分解，变成黄褐色物质。有些蓝珀还混着铁、锰这些矿物质，它们在光线照射下会加速颜色变化。

蓝珀颜色变化主要和两个因素有关，因为有机质含量高容易氧化，氧化产生黄褐色物质。矿物质沉积像刷墙一样覆盖表面，把颜色变深。研究显示有机质超过30%的蓝珀，氧化后颜色加深速度比普通琥珀快3倍。比如缅甸蓝珀，有机质含量35%，氧化5000年左右颜色就变成深褐色。铁和锰的浓度每增加1%，颜色加深程度提高15%左右。环境因素也不能忽视，光照强的环境每年让颜色加深0.5毫米左右。比如波罗的海蓝珀，在紫外线照射下，20年内颜色会从浅蓝变到深褐。这些变化就像化学反应一样，时间越长反应越彻底，所以老蓝珀颜色更深更均匀。