蜡冻里面主要是二氧化硅晶体堆积形成的透明或半透明石块，内部有许许多多小气泡，像蜂窝一样排列。有些蜡冻表面能看到白色或淡黄色杂质，切开后中间还有层叠的云雾状纹路，颜色从浅黄到深棕逐渐变深。

为什么说蜡冻内部有气泡和云纹呢？首先蜡冻是火山岩浆冷却时二氧化硅快速结晶形成的，当岩浆表面温度骤降，里面的气体来不及排出就凝固成气泡，就像刚出锅的馒头内部的小孔。其次据资料记载，蜡冻形成时温度在120-150摄氏度之间，这个温度区间会让二氧化硅晶体以不同方向生长，形成层叠的云雾纹。实验数据显示，优质蜡冻的气泡密度能达到每立方厘米500-800个，而云纹厚度普遍在0.2-0.5毫米之间。另外蜡冻表面杂质多是因为结晶过程中混入了少量氧化铁和氧化铝，这些杂质在氧化后会变成白色或淡黄色。值得注意的是，有些蜡冻在特定角度会透出彩虹光晕，这是因为内部气泡的折射率不同造成的干涉现象，这种现象在含气泡超过600个/立方厘米的蜡冻中更容易出现。