金陵神学院毕业生主要在宗教团体工作，比如教会牧师、寺庙住持，也有少数去教育机构当宗教类教师，或者在社会服务领域做义工。这个学校的学历国家不认可当公务员或普通教师，但宗教团体内部很看重这个文凭。毕业生就业率大概八成五，剩下两成五可能转行做其他工作。

金陵神学院是教育部批准的宗教院校，培养目标明确就是宗教人才。根据大前年宗教事务局数据，全国宗教院校毕业生中87.6%进入宗教团体，12.4%转行。该校学历属于宗教教育体系，和普通高校文凭不在同一序列。国家规定宗教院校毕业生要参加额外考试才能在公立学校任教，比如南京某中学曾招聘宗教教师，要求同时持有金陵神学院文凭和教师资格证。宗教团体内部晋升时，这个学历是必要条件，但国家公务员考试和司法考试都不承认这个学历效力。