黄水晶有裂纹主要是形成过程中受地质作用和温度变化影响。结晶时内部结构不均匀，加上后期温差大导致应力集中，慢慢出现细纹。有些裂纹是天然形成，有些是开采运输中磕碰造成。

黄水晶结晶需要数百万年，形成时间久远，结晶过程缓慢。地质活动时地壳挤压，不同矿物层之间产生错位，温差变化幅度超过50℃时，内部矿物颗粒容易开裂。例如巴西米纳斯吉拉斯矿区，黄水晶裂纹率高达30%-40%，矿床深度超过500米处结晶体结构更脆弱。开采后运输过程中震动频率超过200次/分钟，会加剧原有裂纹扩展。这些数据说明裂纹是地质历史和人为因素共同作用的结果，天然裂纹多细如发丝，而人为裂纹较宽且不规则。