双向电泳主要是把蛋白质先按电荷分开再按分子量分开。第一块板子叫等电聚焦板，让蛋白质像坐滑梯一样往带电方向跑，电荷多的先到头。第二块板子叫SDS-PAGE，用特殊染料让蛋白质像排队过独木桥，小个子的先挤过去。用尺子量条带位置，就能知道蛋白质种类和数量了。

为什么这样分两步呢？因为电荷和分子量是蛋白质两大特性。实验显示200个样本重复三次误差小于5%，比如某蛋白质在电荷板跑完再上SDS-PAGE，条带位置和数据库匹配度达98%。电荷板把带+电的、0电、带-电的分开，就像按电荷分三桌吃饭。SDS-PAGE用染料把蛋白质裹成一样粗细的条，再按重量排队。比如牛血清白蛋白分子量4.2KD，在SDS-PAGE板子跑出来比3KD的条带高一点。这样两步结合起来，就像先用身份证分人群再用身高细化分组，确保找对人。实验数据证明，这样分两步找特定蛋白质的准确率比单一步骤高30%以上。