TM值就是引物和DNA模板结合时的最佳温度。这个温度主要由引物两端的碱基配对决定，碱基配对越多温度越高。比如引物A和模板B匹配70%的话，温底大概55℃；如果匹配90%的话，温高就要65℃左右。温度太低配不上，太高温会跑掉，所以得正好卡在中间。

为什么这么讲呢？首先看数据，根据《分子生物学实验指南》第三版，引物每匹配10个碱基，TM值就上升约4℃。比如引物长度18个碱基，中间6个必须严格配对，两边各6个允许1-2个错配。比如上游引物5'-ATGCCTAGG-3'和下游5'-TGCAGCTGA-3'，中间6个碱基完全配对，两边各配4个就够用，算出来TM值大约58℃。而且温度每降5℃就多出1℃缓冲空间，比如55℃引物可以承受50-60℃范围，而65℃引物只能用在60-70℃。实际操作时，如果温度测不准，比如温箱调到54℃实际是55℃，那引物根本插不上去，PCR就废了。所以得算准这个温度，就像炒菜要放正好三勺盐一样，差一勺都不行。