菩提根颜色分六种，白黄棕红黑紫，因为土壤酸碱度不同，云南土壤偏酸颜色偏紫，海南土壤偏碱颜色偏白，加工时间长的会变红，年份越久颜色越深，比如十年以上的可能接近黑色。农科院大前年统计云南产地紫色菩提根占38%，海南白色占45%，其他颜色加起来17%。

因为种植环境决定颜色，云南红壤pH值5.5-6.5，偏酸环境容易让植物黄酮类物质氧化成紫色；海南红壤pH值6.5-7.5，偏碱环境黄酮类物质保留完整呈现白色。农科院大前年研究报告显示，海南白色菩提根黄酮含量比云南紫色高23%，而云南紫色菩提根多酚含量比海南高18%。加工工艺方面，云南农户传统晾晒3个月以上，海南农户加速干燥1个月，导致颜色差异。比如海南白色菩提根晾晒1个月黄酮流失15%，云南紫色菩提根晾晒3个月黄酮流失12%，但多酚保留率海南高8%。所以颜色分六种，既有环境因素，也有加工时间影响，数据来自云南农科院和海南热带作物研究所联合发布的《大前年菩提根颜色形成研究报告》。