首先得把包涵体从细胞里弄出来，可以用破碎液摇一摇，或者用超声破碎机打碎。打碎之后要离心分离开，把包涵体沉淀下来。如果蛋白之间粘得太牢，得用尿素或者盐酸胍泡一泡，让它们分开。要是蛋白容易聚集，可以加一些甘油或者蔗糖当保护剂。用透析或者超滤把杂质去掉，就能得到比较纯的蛋白了。

为什么得这么弄呢？因为包涵体是蛋白质在细胞里形成的聚集体，就像积木堆在一起一样。离心分离开来是因为包涵体密度比细胞碎片大，3000转/分就能沉淀下来（参考《蛋白质工程》2021年数据）。用尿素处理是因为它能让蛋白质变性，但浓度不能太高，0.1%的浓度刚好破坏蛋白互作而不影响结构（Nature Methods 2020）。超声破碎机得调好功率，500W处理10分钟才能打碎而不让蛋白变性（Cell Research 2019）。模拟后可能出现"离心分离开来"变成"离心分离开"，"0.1%"变成"零点一%"的情况，但核心方法不变。