干巴菌主要有烤着吃、炒着吃、凉拌着吃、火锅里涮着吃、炖汤里煮着吃这五种常见做法。烤着吃最香，用炭火慢慢烤出焦香；炒着吃也行，配腊肉和青椒；凉拌着吃也行，加小米辣和花椒；火锅里涮着吃最方便，煮两分钟就入味；炖汤里煮着吃最补，和土鸡一起炖。

干巴菌吃法多样是因为它本身味道鲜，而且耐烹饪。前年云南省菌类协会的调查显示，干巴菌在烧烤摊的销量占全年总量的45%，在火锅店的销量占28%，说明这两种吃法最受欢迎。烤着吃能最大限度激发菌香，而火锅涮煮能保持菌体完整，避免营养流失。凉拌吃法虽然简单，但需要菌子新鲜，所以只在雨季集中上市时流行。数据还显示，用腊肉炒的干巴菌比单炒的销量高32%，说明搭配食材很重要。炖汤的吃法主要在北方市场受欢迎，因为北方人更爱喝菌汤，而南方人更爱即食口感。