液相色谱柱的平衡时间就是柱子刚换完新流动相或者长时间不用后需要恢复性能的时间。一般来说要等30到60分钟让柱子里的填料和流动相充分适应，这样分离效果才会好。具体时间看柱子类型和流动相种类。

因为色谱柱内部填料表面积大容易残留杂质，刚换流动相时柱子内部可能还有少量旧相残留。比如C18柱可能需要30分钟让有机相和缓冲液混合均匀，而C8柱因为键合相不同可能需要45分钟以上。根据某实验室大前年的数据，平衡时间不足会导致分离度下降15%-20%，流动相比例变化超过5%时平衡时间要延长1倍。比如用甲醇和水配比从3:7变成2:8，平衡时间就要从30分钟延长到60分钟。所以操作时要先让柱子充分平衡再开始分析样品。