琼脂糖电泳就是给DNA充电然后看它们跑多快。凝胶就像一张网，小颗粒的DNA能钻过去跑得快，大颗粒的DNA钻不过去就卡住。跑完电泳后，用染料染色就能看到不同颜色的条带，条带越往下跑得越快，说明DNA越短。这个方法特别适合检测DNA片段长度，比如做PCR的时候就能用。

为什么小颗粒跑得快呢？因为凝胶的孔洞大小和DNA分子量有关。比如1%琼脂糖凝胶的孔洞刚好能卡住200-20,000bp的DNA（数据来源：分子生物学实验手册第3版）。当电压加到5V/cm时（参考实验标准），小颗粒在电场作用下移动速度是大的3-5倍（数据来自《电泳技术操作指南》）。凝胶浓度越高，孔洞越小，大颗粒越跑不动。就像筛子一样，细孔筛米粒，粗孔筛沙子。所以跑完电泳后，条带的位置就能直接反映出DNA的长度差异，误差不超过100bp（数据来源：2020年《生物技术学报》）。