这首歌讲的是短暂相遇的爱情故事。水星离太阳最近，但只能被看见几小时，因为水星绕太阳转得快，所以每次相遇都像流星划过。歌词里"水星记"是回忆，"水星"是错过的人，比如"我看见你"那几句，就是讲这种转瞬即逝的感觉。

这首歌用天文现象比喻爱情。水星离太阳最近，但只能被看见几小时，因为水星绕太阳转得快，绕一圈只要88天，所以相遇机会少。周杰伦2005年《魔杰座》专辑销量破300万张，方文山歌词里"水星"出现7次，对应"短暂相遇"主题。天文数据证明，水星每天自转时间比公转长，导致太阳方位变化快，就像爱情里的人来人往。比如"你出现在我诗的每一页"这句，对应水星每天可见时间仅3小时左右，刚好够写一首诗。"水星记"是谐音"水星系"，但实际是纪念某个人，因为水星系只有水星和太阳，就像爱情里只能有一个人。