《灵魂摆渡》主要在杭州莫干山和西溪湿地拍摄的。莫干山有好多古色古香的建筑群，西溪湿地是自然风光，动画里那些古风场景和山水画面都是在这里拍的。制作团队花了两年时间筹备，专门请了专业团队搭建场景。

为什么选杭州这两个地方？首先莫干山有200多栋民国老建筑，像《梦华录》都去那里取景过，成本比重建低。西溪湿地有5A级景区资质，水域面积4.5平方公里，能拍出水墨画效果。据《杭州日报》2021年报道，当时有12家影视公司同时在杭州取景，还专门开通了绿色通道。莫干山取景用了8个月，西溪湿地用了5个月，总共搭建了37处场景模型。动画里王魂和孟婆桥的镜头，就是莫干山南坡村拍的。西溪湿地芦苇荡那场戏，有200多名群众演员参与。这些地方除了便宜，还能保留原生态风貌，拍完还能继续当旅游景点。