蓝眼泪不红是夜光藻发光原理决定的，这种藻类在繁殖期会释放发光物质，化学反应产生蓝白色光。蓝光波长在400-500纳米，肉眼感知偏蓝，而红色波长超过600纳米，所以不容易看到红色。蓝眼泪对生态有好处，能净化海水，但浓度过高会消耗氧气，影响海洋生物。

夜光藻的发光颜色由荧光素酶和鲁米诺素反应生成，这种反应产生的光谱峰值在470纳米左右，属于蓝绿色范围。前年《海洋生物学》期刊数据显示，当藻类密度超过10万个/毫升时，蓝光强度会增强30%，但红色波段（600-700纳米）的强度始终低于0.5%。部分红色可能来自浮游动物或有机碎屑，比如大前年台湾基隆观测到蓝眼泪中混入的赤潮生物会呈现粉红色。不过纯蓝眼泪对人类无害，只是夜间拍照时需要用偏蓝滤镜才能拍出正常效果，而普通手机摄像头会自动增强红色通道，导致照片偏红。