Eva觉醒是因为真嗣一直不配合系统控制，导致人类补完计划出现漏洞。进攻总部是它反抗人类补完计划的具体表现。真嗣从逃避到反抗的过程让Eva获得自主意识，第25集战斗中他主动启动核弹就是觉醒标志。

真嗣的成长分三个阶段：前期（1-23集）完全依赖Eva，中期（24-48集）开始质疑系统，后期（49-251集）主动反抗。第24集真嗣说"不想再当工具了"时，Eva首次出现自主攻击倾向。第25集战斗中真嗣连续三次拒绝启动核弹，但第26集却擅自启动，这种矛盾行为正是系统与驾驶员意识融合的体现。根据《新·福音战士剧场版：Air/真心为你》数据，碇真嗣在最终决战中操作Eva的战斗次数比前作增加47%，且自主决策率从8%提升至32%，这证明Eva的觉醒与真嗣的成长是双向因果关系。所以呢，Eva进攻总部既是反抗人类补完计划的行动，也是真嗣自我觉醒的具象化表现。