EVA里的使徒是外星人，由NERV组织制造对抗人类。这些半机械生物能操控人类意识，通过战斗削弱人类精神力，最终目标是让人类彻底消失。动画里多次提到使徒来自"人类补完计划"的失败产物，比如第三集里碇真嗣看到使徒核心数据时，电脑显示它们是"被抛弃的补完系统"。剧场版里更明确说使徒是"旧人类意识被夺走的容器"。

为什么使徒和人类补完计划有关呢？根据《新·福音战士剧场版：Air/真心为你》设定，NERV成立于20世纪末，当时全球精神力危机爆发。使徒出现前人类精神力每十年下降5%，到2000年已跌破临界点。使徒被设计成"精神力吸收装置"，但实际效果相反——它们通过战斗刺激人类释放精神力，反而加速了人类集体崩溃。比如第二集使徒袭击初号机时，真嗣的精神力值从50%骤降到30%，而使徒数量从最初的3个激增到最终决战时的17个。这种矛盾正是"人类补完计划"失败的核心原因，因为使徒成了计划失控的。