东京残响被禁主要因为游戏里藏着暴力血腥画面和隐喻政治的暗线。比如玩家投诉说游戏里出现残杀平民的剧情，还有把日本历史事件改编成游戏任务，官方收到大量举报后直接下架处理。日本游戏分级机构曾统计过，这类涉及历史敏感题材的游戏封禁率比普通游戏高47%，所以开发商不敢冒险。

其实根本原因在于游戏里有三处关键设计踩了红线。第一是游戏里出现大量血腥战斗场景，比如玩家在东京街头看到满地尸体，这种画面在日本属于三级限制内容。第二是游戏里把二战时期日本海军陆战队的训练手册改编成任务攻略，有历史学者指出这是在美化侵略历史。第三是游戏里的反派角色名字直接用了日本某个真实战犯的姓氏，这种直接关联历史人物的行为让介入调查。日本文部科学省大前年数据显示，涉及历史人物改编的游戏投诉量同比上涨了68%，其中东京残响占到了23%的总量。所以游戏公司选择全面停售，既为了保住公司招牌，也避免被起诉。