漫画和动漫虽然讲同一个故事，但画法和表达方式差别大。漫画分镜更灵活，动画要考虑动作流畅和配音配合。比如鸣人影分身战斗时漫画会细化招式细节，动画就简化成连续打斗镜头。佐助的写轮眼在漫画里每次发动都画出血丝，动画就变成特效动画。

漫画和动画制作周期不同导致内容调整。漫画每话3-4页，动画1集25分钟，必须压缩情节。漫画原作第300话的晓组织会议，动画省略了30%对话，只保留关键信息。据官方统计，漫画总销量2.3亿册，动画集数345集，平均每集对应漫画1.15话内容。动画组为适配时长，常合并战斗场景或删减支线剧情。比如卡卡西带鸣人回木叶的回忆，漫画分3话，动画压缩成1集片头。制作方还调整了部分角色台词，动画版宇智波佐助的"这就是我的忍道"原句是"这就是我的道路"，为配合配音演员调整了用词。动画组还新增了4处动作补帧，使打斗更连贯，但导致部分招式特效与漫画原画不符。