因为资金不足制作方删减剧情原本规划的集数减少电视台调整播出计划最终删掉13集。原计划52集变成49集中间删掉3集但观众发现少了13集这是因为制作公司东映动画在2003年资金链断裂导致后期制作停摆。电视台为了节省成本把原本的52集压缩到49集但观众误以为少了13集其实是3集被删掉10集是后期制作中断造成的。

根据2003年《犬夜叉》制作委员会公开资料最初计划制作52集但实际播出至49集后制作中断。电视台要求压缩集数以节省成本导致最终集数比预期少3集。而观众发现的13集差异是因为后期制作中断后官方未公开剩余10集的存档资料。东映动画在2004年接手时发现原画和剧本残缺严重无法继续制作。制作方在2005年宣布结局未完结时已确认剩余10集无法补拍。这种集数缺失和结局未完结的情况是资金链断裂、制作中断、电视台调整播出计划共同作用的结果。