基线波动就是荧光信号在起始阶段出现的忽高忽低的背景噪音。调基线就是用软件把前几个循环的荧光值平均一下，抹平这个波动。比如有的实验发现基线波动超过0.1%的话，Ct值可能虚高2-3个循环，这样结果误差就超过10%了。操作时最好选前5个循环的数据，因为这时候模板还没被充分扩增，波动更真实。

为什么得用前几个循环的数据调基线呢？因为这时候荧光信号主要来自试剂本底和仪器噪声，还没被目标基因的扩增信号盖过。比如有篇文献说，如果基线波动范围在0.5-1.5%之间，后续扩增的Ct值就会比真实值高0.5-1.5个循环。比如有的实验发现基线波动超过0.1%的话，Ct值可能虚高2-3个循环，这样结果误差就超过10%了。所以调基线时要确保波动范围稳定，比如波动不超过0.1%才合格。有时候仪器温度漂移也会导致基线倾斜，这时候得让实验员在跑板前预热30分钟。比如有的实验发现基线波动超过0.1%的话，Ct值可能虚高2-3个循环，这样结果误差就超过10%了。