转染效率主要看三个指标：荧光显微镜看细胞发光多不多、Western Blot测蛋白有没有多、qPCR数基因有没有翻倍。转染后24到48小时取细胞，用显微镜照发光的细胞占多少比例就是转染率。比如把GFP病毒转进去，发光细胞超过80%就算合格。蛋白检测要跑电泳看目标蛋白条带位置和灰度，基因检测看扩增曲线有没有S型。这三个方法互相印证，一个合格至少两个达标。

为什么得用这三个方法？因为每个方法看不同层面。荧光显微镜直接看细胞有没有被成功标记，但可能受细胞密度干扰，比如细胞太密看不清。比如实验显示荧光强度和转染效率正相关，但细胞密度每增加10%，误判率就涨3%。这时候得结合蛋白检测，因为蛋白表达不受密度影响。比如有篇论文说转染效率80%时，Western Blot能检测到目标蛋白，而荧光显微镜可能只有70%准确。qPCR看的是基因拷贝数，但设备贵且操作复杂，所以通常作为补充。比如用qPCR测时，Ct值每降1个，基因表达量翻10倍，但转染效率超过90%时，Ct值可能低于20，这时候三个方法都达标才最可靠。不过实际操作中，实验室通常先看荧光显微镜，再看蛋白，才用qPCR，这样既省时间又省成本。