《怪物弹珠》共有两季，第一季2013年4月到2014年9月，讲游戏少年们组队挑战怪物的故事。第二季2015年10月到2016年3月，继续他们的冒险，还加了新角色和剧情。官方总共放出104集，分成两季播完。

根据制作方万代南梦宫的公开资料，第一季52集分两卷，2013年4月首播到2014年9月完结。第二季52集同样分两卷，2015年10月开始到2016年3月收尾。因为第一集要铺垫世界观，第二集要收尾和扩展世界观，所以分两季。比如第一集主角结城晶组队，第二季新增角色丽塔和反派组织，这些都在官方资料里写着。制作方解释说分两季是为了让观众更好适应剧情节奏，避免单季压力过大。