鸟嘌呤是嘌呤的一种，微溶于水，但遇到酸或碱会溶解更多。比如在纯水中只能溶解0.05g/100ml，而遇到pH2的稀盐酸时能溶解0.3g/100ml，遇到pH12的氢氧化钠时更达到0.8g/100ml。温度升高会降低溶解度，比如30℃时溶解度比0℃时少20%。

鸟嘌呤的分子结构像小船，嘧啶环是船头亲水，嘌呤环是船尾疏水。在纯水中，疏水部分阻碍溶解，所以溶解度低。遇到酸时，船头羟基会吸氢变成羟基正离子，亲水性增强；遇到碱时，疏水部分会被水分子包围，就像泡在热汤里更容易散开。数据显示，pH7时溶解度是0.1g/100ml，比纯水高2倍，但加热到60℃时又降到0.08g/100ml。这是因为高温让疏水部分更活跃，像被烫到想躲开水一样。不过低温时溶解度反而升高，比如0℃能溶解0.07g/100ml，可能和分子运动慢有关。有个实验发现，用pH5的缓冲液溶解鸟嘌呤时，每加1℃温度，溶解度减少0.002g/100ml，这跟分子振动频率变化有关。但遇到pH8的溶液时，温度影响变小，可能因为碱性环境稳定了分子结构。酸碱度和温度像跷跷板，一个高另一个就低，但具体怎么摆动得看哪边更重。