豆腐脑发酸主要是材料或步骤问题，常见原因有三种：水质不干净、发酵时间过长、煮制温度控制不好。比如用井水做豆腐脑，水里含有较多矿物质和杂质，容易让蛋白质分解产生酸味。石膏粉或内酯的用量不对，发酵时间超过两小时也会让酸味加重。

爱好者实测发现，用PH值5.5以上的软水做豆腐脑，酸味出现概率降低80%。比如用过滤水做实验，200克水加3克石膏粉，煮沸后静置15分钟，酸味明显减少。而用PH值4.3的硬水做对比实验，静置时间超过40分钟，酸味出现概率达到75%。温度方面，煮豆腐脑时如果超过90度，高温会破坏蛋白质结构，冷却后更容易滋生乳酸菌。数据显示，温度每升高10度，细菌繁殖速度加快1.5倍。比如用85度水煮10分钟，再自然降温到40度以下，酸味概率只有12%；而用95度煮同样时间，酸味概率高达68%。