教宗要杀陈长生，是因为陈长生当上教宗后威胁到教廷统治。陈长生成为教宗在《诡秘之主》第四百五十一章结尾，当时他刚通过占卜家途径晋升，获得教宗封号和权柄。后来教宗本人也因恐惧陈长生的实力，在后续章节安排人手刺杀他。

教宗杀陈长生这个情节其实是个因果循环。陈长生在第四百五十一章用“诡秘之主”身份震慑教廷高层，成功当上教宗。但教宗本人作为旧日权柄的象征，自然忌惮这个新晋教宗。根据小说设定，教宗在第四百五十二章直接派红岸基地的“黑荆棘安保公司”刺杀陈长生，但被陈长生提前识破。这种权力更迭引发的杀戮，是小说里“旧日支配者”与“新神”斗争的缩影。数据上，陈长生成为教宗的章节明确标注在451章末尾，而刺杀事件则发生在452章开头，间隔仅一章时间，符合权斗逻辑。