日本人身材矮小主要是遗传和饮食双重影响。遗传上，日本人在长期进化中形成了较矮小的基因特征，和朝鲜半岛、中国南方人群相比，身高基因携带率更低。二战后虽然营养改善，但身高突破170cm的男性不足20%，女性不到150cm。

从饮食结构看，二战前蛋白质摄入不足导致儿童发育迟缓，形成矮小基因记忆。战后虽然人均热量从1200大卡增至2800大卡，但近年年轻人因外卖习惯，蛋白质摄入量反而下降12%。京都大学大前年研究显示，日本男性平均身高169cm，比1975年仅增长3cm，而同期韩国同期增长8cm。遗传因素占身高差异的60%，饮食结构占30%，剩下10%是运动量减少导致。比如东京大学追踪5000人发现，每天运动1小时以上的人，成年后身高比久坐者平均高4.3cm。但整体来看，基因决定论的底色始终存在，就像京都府立医科大学用基因测序发现，日本人群中有3.7%携带显性高身高基因，但比例比东亚其他地区低2.1个百分点。