水母的颜色多样，有透明、红色、蓝色、紫色、绿色等，有些还会发光。它们颜色不同，和种类、生活环境有关。比如海月水母透明，而箱水母红色，这种差异是因为它们生活环境不同，比如海月水母在清澈海水中，箱水母在深海水里，光线影响颜色。有些水母颜色会随光线变化，比如夜光游水母在月光下会变成淡蓝色。

水母的颜色差异主要和生存环境有关，比如透明水母多生活在光线充足的海域，身体透明能减少被天敌发现的风险。研究数据显示，90%的透明水母种类分布在浅海区，而30%的红色水母集中在深海水域。深海水母因为光线不足，进化出红色或蓝色荧光，这种颜色能穿透海水传递信息。比如箱水母的红色来自体内含有的虾青蛋白，这种物质在氧气充足时会呈现红色，缺氧时会变暗。水母的发光机制也影响颜色，比如夜光游水母的荧光蛋白遇到氧气会发出淡蓝色光，而某些品种的发光颜色能达到7种以上。这些特征都是长期自然选择形成的生存策略，比如透明颜色减少天敌发现概率，发光颜色用于求偶和捕食。