全真教被灭跟内部矛盾有关，张小凡和道玄关系不好，还有魔教袭击。全真教只剩张小凡，被罚在山里修行。因为道玄想独揽大权，玉清派和天罡派不支持他，内部乱成一锅粥。魔教在2005年突然来偷丹药，全真教没准备好，被杀得只剩张小凡。张小凡后来被罚在山里修行，全真教就没人了。

因为原著《诛仙》里明确写着道玄和玉清派争权，天罡派也反对他。2005年魔教突袭时，全真教有七百多个弟子，结果被杀四百多个，剩下三百多个逃走。张小凡当时才十六岁，被罚在山里修行到三十岁才被放。电视剧2005年播出后，原著作者把张小凡结局改得更惨，说全真教彻底没落了。所以全真教被灭是内部争斗加外部袭击，只剩张小凡被罚修行。