琴酒想杀透是因为透是灰原哀的亲姐姐，而灰原哀在加入黑衣组织前化名透执行任务。琴酒作为组织高层，担心灰原哀泄密会牵连家人，所以想通过威胁姐姐来控制她。

琴酒多次对灰原哀下跪求饶，但灰原哀拒绝配合。根据《名侦探柯南》剧场版《贝克街的亡灵》第3集，琴酒曾用透的照片威胁灰原哀，并多次暗示要杀透。灰原哀在组织期间研发了APTX4869，琴酒担心她掌握致命武器，杀透能迫使灰原哀服从。琴酒在《红与黑的碰撞》中明确表示会为组织清除叛徒，透作为关联人物被灭口。灰原哀后来回忆，琴酒杀透是为了彻底断绝她的退路，确保组织利益不受损。这种威胁手段符合黑衣组织的冷酷逻辑，但最终被灰原哀用计反制。