琴酒不杀灰原哀是因为她是还能用，喜欢她可能因为忠诚但主要是利用。琴酒性格冷酷如麻，但灰原哀有APTX4869和黑衣组织机密，杀了她会损失重要情报。灰原哀之前是组织科学家，开发药物和科技，组织需要她继续工作。琴酒抓她回来是怕她泄露秘密，暂时关押观察。灰原哀逃过多次还帮柯南破案，组织想控制她获取更多线索。琴酒对叛徒通常直接处理，但灰原哀价值高且会装病骗他，所以暂时留着她。灰原哀知道太多秘密，杀她等于毁掉组织重要资产，而且她多次从死亡边缘逃脱，组织想利用她的生存能力。比如剧场版里灰原哀被注射装死，琴酒发现后反而更重视她。所以琴酒不杀灰原哀是因为她还是组织需要的工具，喜欢只是利用的说法不成立，更多是利益权衡。灰原哀每次被琴酒审问都装傻充愣，琴酒反而觉得她有趣，这种矛盾心理让组织暂时留着这个“危险品”。