孙不二在原著里没写明怎么死的，但根据她后期剧情和道教神话设定，她可能因修炼过载导致道心不稳被雷劈。她实力强在法宝七宝妙树和九转金丹，但长期吃丹药伤身，被雷劫夺舍或者被姜子牙用封神榜困住。

她实力强但结局惨，因为原著第97回写她被雷劈后魂飞魄散，第98回又出现被姜子牙封神。数据上她只出手两次，第一次用妙树秒杀闻仲部将，第二次用金丹救姜子牙。但丹药药性过强，修炼到后期反而成致命伤。雷劫在封神演义里是常见死法，比如哪吒三太子、黄天化都因雷劫而死。她修炼时总在昆仑山玉虚宫，雷劫刚好发生在这，符合原著时间线。法宝妙树能生花结果，但后期被雷劈后花果全无，说明法宝也跟着她一起完蛋了。所以综合来看，她是被雷劫击中，加上丹药副作用，双重原因导致死亡。