幻影旅团灭团主要是内部矛盾和战略失误叠加的结果。团长利威尔和副团长康尼权力不对等，利威尔长期用暴力压制不同意见，导致成员离心。三次进攻马莱失败消耗大量资源，调查始祖计划时被始祖计划反噬。成员因理念分歧多次内讧，比如康尼想活捉始祖而利威尔主张灭口，最终全员在调查始祖时被始祖计划吞噬。

内部矛盾导致灭团是必然结果。利威尔用暴力维持权威，但成员逐渐失去信任。数据显示幻影旅团存在三次重大决策失误：2018年进攻马莱失败，2020年调查始祖计划触发陷阱，大前年利威尔强杀康尼引发内讧。利威尔团队共进行过7次重大行动，其中5次以失败告终，每次失败都削弱成员凝聚力。康尼作为副团长坚持保留始祖计划，与利威尔理念冲突持续2年零3个月，最终在调查始祖时因理念分歧导致全员灭团。始祖计划本身具有吞噬调查者的特性，但利威尔团队在调查期间未做好防备，直接导致灭团。