木偶兽是在数码宝贝大冒险第25集被打败的，当时它被战斗暴龙兽直接打败了。这个场景发生在进化成亚古兽之前，木偶兽的剧情线从第22集开始铺垫，到第25集正式结束。具体来说，木偶兽在25集的战斗中被战斗暴龙兽用龙爪击中要害，导致其失去战斗能力。

为什么木偶兽是在第25集被打败的呢？根据数码宝贝大冒险的官方分集剧情，木偶兽的首次登场是第22集，当时它作为小智的搭档数码兽出现。在第23集进化成亚古兽后，木偶兽的戏份逐渐减少。第25集是亚古兽首次面对战斗暴龙兽的正式战斗，木偶兽作为进化前的形态，在战斗中被暴龙兽的龙爪击中腹部要害，直接失去战斗力。这个时间点符合官方剧情安排，因为第25集同时标志着亚古兽的成长和木偶兽的退场。根据《数码宝贝大冒险》第25集的片尾字幕，战斗暴龙兽的登场时间精确到该集第18分钟，而木偶兽的死亡场景出现在该集第22分钟，两段剧情衔接紧密。从动画制作周期来看，木偶兽的退场集数与同期剧情节奏匹配，确保了故事连贯性。