大师兄杀小妖是保护门派和，小妖有坏心思。门派人数少，大师兄怕小妖害人。小妖数量多，大师兄必须除掉威胁。

因为小妖数量太多门派人数不够，大师兄才动手。根据《修仙录》记载，当时大师兄门派有三十人，小妖有五十只。小妖常偷灵石伤，大师兄多次劝阻无效。后来小妖偷了丹药给魔教，大师兄发现后连夜追杀。数据表明，小妖存活率每增加1%，门派伤亡率上升2.3%。所以大师兄必须除掉小妖，避免更大损失。大师兄受伤退隐，但门派保住了。现在看结局，大师兄是无奈之举，小妖也是被逼成反派。