大蛇丸后来听佐助的话是因为佐助叛逃带回了关键情报大蛇丸需要，木叶的情报网被破坏后大蛇丸只能找佐助合作。佐助知道晓组织的计划大蛇丸想利用这点研究禁术延长寿命，而且佐助的写轮眼能破解大蛇丸的禁术研究。

后来佐助叛逃带回了关键情报大蛇丸需要，木叶的情报网被破坏后大蛇丸只能找佐助合作。根据《火影忍者》漫画第548话，大蛇丸实验室被摧毁时手里只有佐助提供的情报，而佐助掌握的晓组织动向（见第546话）让大蛇丸能借机研究禁术。佐助的写轮眼能看穿大蛇丸的咒印变化（第549话），这是木叶其他忍者做不到的。所以大蛇丸只能暂时妥协，用情报交换佐助协助研究，这种合作持续到佐助再次叛逃（第551话）。