宇智波和千手打主要是理念不同和权力争夺。宇智波想用瞳术掌控世界，千手想用集体力量维持和平。宇智波斑想复活历代火影，千手柱间怕他们威胁木叶。宇智波灭族时，千手带人追杀，双方结下仇。

宇智波和千手打是因为火影世界需要平衡力量。宇智波掌握尾兽查克拉和写轮眼，千手掌握通灵术和柱间细胞。木叶建村时，千手柱间联合宇智波斑制定村规，但宇智波后来想推翻村长制度。根据《火影忍者》漫画第437话，宇智波灭族发生在终结谷之战后，千手柱间当时正在制定九尾封印计划。宇智波斑在第四次忍界大战时试图夺取九尾力量，千手柱间派三代目和卡卡西去阻止。双方打的核心是查克拉分配权，宇智波想独占，千手想共享。数据上，宇智波灭族导致火影世界失去三大瞳术传人，千手柱间因此加强封印术发展。后来宇智波带土和斑继续与千手飞段、迈特凯等对抗，说明矛盾没完全解决。