宇智波灭族是第四次忍界大战期间发生的惨案，木叶村和佩恩六道联手把宇智波一族全灭。当时宇智波掌握写轮眼和血继限界，能预知未来和操控查克拉，木叶高层害怕他们威胁村子的统治，所以派佐助和佩恩去处理。佩恩带着六道分身围攻族村，佐助叛逃后还帮着切断族人的求救信号，所有宇智波人只剩佐助逃走。

佩恩六道是晓组织首领，他带着天道、修罗道等六具分身组成铁壁合围，从天而降用手里剑攻击宇智波村。佐助当时被木叶派去任务，但被佩恩抓住并植入咒印，后来反而成为帮凶。根据原著统计，宇智波灭族事件发生在战国时代末期，当时木叶村与晓组织的矛盾激化。佩恩的六道分身能同时操控天地人三界查克拉，佐助的写轮眼能预知三天未来，两人联手正好补足对方弱点。木叶高层提前三个月收到预言，但误判是宇智波族长波风水门，所以派佐助执行灭族计划。当宇智波人发现真相时，佩恩的忍术已经完成斩首行动，佐助的叛逃也切断了族人的求援可能。