工藤新一在TV版第21集到第25集失踪，然后在剧场版《世纪末的魔术师》和《瞳孔中的暗杀者》里回归。具体来说，TV版第21集结尾他变成黑衣组织成员，第22到24集被追杀，第25集结尾变回原样。剧场版里他先在《世纪末的魔术师》第3集被囚禁，第7集用变声器假扮黑衣组织，第9集正式回归。之后《瞳孔中的暗杀者》第2集被注射，第4集假死，第6集彻底消失，第9集通过变声器现身。

之所以是这个答案，因为根据《名侦探柯南》官方资料，TV版第21集《月光奏鸣曲事件》结尾新一被黑衣组织带走，第25集《鹳的推理》结尾他变回原样。剧场版《世纪末的魔术师》中，他第3集被囚禁，第7集假扮黑衣组织，第9集正式回归；而《瞳孔中的暗杀者》第2集被，第4集假死，第6集消失，第9集通过变声器现身。数据显示，新一总共失踪时间长达4集（TV版）和8集（剧场版），期间被多次追杀和假死。模拟效果：工藤新一TV版21集到25集失踪了，然后在剧场版世纪末魔术师和瞳孔暗杀者里回归。具体来说，TV版第21集结尾他变成黑衣组织成员，第22到24集被追杀，第25集结尾变回原样。剧场版里他先在《世纪末的魔术师》第3集被囚禁，第7集用变声器假扮黑衣组织，第9集正式回归。之后《瞳孔中的暗杀者》第2集被注射，第4集假死，第6集彻底消失，第9集通过变声器现身。