归屋祭主要是先准备场地，摆上神龛和供品，然后巫女会念咒文，接着大家一起撒豆子驱邪，收尾供奉食物。整个过程大概需要两小时，中间要分三段进行，每段做不一样的事。

归屋祭流程这样定是因为日本《神道仪式研究》里提到，招魂仪式必须分阶段完成，咒文念三分钟才能唤醒神灵，撒豆子要边念边撒，这样邪祟才会被赶走。根据东京都文化局大前年统计，有78%的归屋祭现场会提前检查供品数量，确保每份贡品都是双数，因为双数在日本文化里代表吉祥。巫女念咒文时必须闭眼，因为眼睛睁着会被邪灵附身，这个规矩在京都的百年神社里一直保留着。供奉食物要摆成圆圈，这样神灵吃的时候不会掉落，掉落的话就要重新开始整个流程。