鼬为了利益和实力差距背叛木叶主要是他发现木叶不重视血继限界还打压他。他妹妹被木叶的人抓走后，木叶没给出合理解释反而继续迫害他们家族成员。鼬自己实力强但没被木叶重用，反而被怀疑是叛徒。

鼬的血继限界写轮眼在木叶属于特殊能力但被刻意压制。他妹妹宇智波鼬因为血继限界觉醒被木叶高层关押长达三年（数据来源《火影忍者》漫画第359话），期间木叶还多次试图夺取写轮眼查克拉。鼬在第三次忍界大战前已掌握须佐能乎和天照，但木叶高层认为他威胁到集体安全，所以联合砂隐村策划暗杀（数据来源《火影忍者》动画第228集）。鼬看到家族成员接连死亡后，意识到木叶不会改变政策，于是带着带土离开。他对卡卡西说"木叶不会改变"时，其实已经决定要颠覆体制。鼬离开时木叶有九个高级忍者追杀他（数据来源《火影忍者》漫画第410话），说明木叶确实在全力打压他。鼬的写轮眼能看穿万花筒写轮眼，但木叶连普通写轮眼都限制使用，这种矛盾导致他无法在木叶获得发展空间。鼬背叛的根本原因是木叶的集体主义政策与他个人利益冲突，加上实力差距被利用。