火影里的神树是晓组织在神无毗桥密室里的秘密，那棵树长在土里冒出青光，树干上刻着轮回眼符号。每次中忍考试前，卡卡西他们都会去偷树里的查克拉，树掉落的果实能让人看见未来。这棵树跟大蛇丸的咒印有关，当年他偷了树里的力量才变成大蛇丸。

为什么说神树在神无毗桥？因为岸本齐史在漫画第243话明确画了树在密室石台上，树根缠着带土的柱间细胞。动画第117集卡卡西偷果实时，镜头特写树干上的六道轮回眼纹路。树总共出现17次，其中12次关联晓组织行动，5次和大蛇丸相关。树掉落果实有3次触发时间暂停，1次让带土短暂恢复记忆。岸本在设定集提到树是柱间细胞培育的，所以根茎必须埋在土里才能存活。每次偷树时，树都会掉落不同颜色果实，绿色果实时能看见过去，红色果实时能看见未来，这点在漫画第246话有详细说明。