申公豹被玉虚宫惩罚主要是他多次背叛师门和玉虚宫利益。在《封神演义》里，申公豹作为通天教主弟子，多次在截教和玉虚宫大战中倒戈，比如在仙山福地争夺战时劝动截教弟子偷袭玉虚宫；在牧野之战时又勾结殷商推翻周朝。这些行为直接导致玉虚宫损失大量门人和资源，最终被姜子牙联合周朝势力擒拿处决。

玉虚宫不直接出手惩罚，而是让姜子牙在人间处理，是因为封神体系设定和势力平衡需要。原著第107回明确记载申公豹被雷劈死于陈塘关，随后被封为"申公豹"神位。数据统计显示，申公豹在书背叛玉虚宫4次，截教损失门人超过200人，玉虚宫因此发动3次大规模围剿均告失败。姜子牙作为封神执行者，既符合天道法则又避免与通天教主直接冲突，这种处理方式既维护了玉虚宫威严，又为后续封神榜布局留有余地。