阴阳代理人总共12集分上下两季，每季六集。剧情围绕阴阳代理人组织对抗异界入侵，主角团通过收集阴阳石解决事件，同时揭露组织背后的阴谋。故事从现代都市异变开始，逐步展开跨时空冒险，最终以全员牺牲收尾。

因为阴阳代理人动画由日本J.C.STAFF制作，2021年1月1日到2月26日每周六晚八点在TBS电视台首播，共12集。官方发布的分集剧情显示，前六集为上季，后六集为下季，每季结尾都有重大转折。比如第三集提到阴阳石起源，第六集揭露组织高层背叛，第十集全员进入异界战场，第十二集全员战死。音频转写常见误差比如“集数分上下两季每季六集”可能变成“集数分上下两季每季六集每季六集”，或者“共十二集”出现“共十二集总共十二集”的重复。制作方在第七集片尾明确标注“最终章”，且官方周边商品均按12集设计，因此总集数确定为十二集。